Cơ quan thuế Việt Nam đang chuyển từ thanh tra ngẫu nhiên, diện rộng sang thanh tra dựa trên rủi ro, sử dụng phân tích dữ liệu số. Trong 6 tháng đầu năm 2026, các cuộc thanh tra, kiểm tra thuế đã kiến nghị truy thu, điều chỉnh và xử phạt hơn 34.000 tỷ đồng, đồng thời cơ quan thuế phân bổ nguồn lực thanh tra dựa trên hồ sơ rủi ro của người nộp thuế thay vì chọn ngẫu nhiên. Xu hướng này không chỉ giới hạn ở lĩnh vực thuế. Tỉnh Thanh Hóa đã phê duyệt chương trình thanh tra chuyên ngành năm 2026 đối với 87 doanh nghiệp và tổ chức, tập trung vào các lĩnh vực điện lực, hiệu quả năng lượng, hóa chất, vật liệu nổ công nghiệp và hoạt động xuất nhập khẩu, với thời kỳ thanh tra tính từ ngày 1/1/2025. Điều này phản ánh xu hướng chung trên cả nước: thanh tra ngày càng có mục tiêu cụ thể, dựa trên dữ liệu và theo từng ngành. Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FIE), tập đoàn đa quốc gia và các công ty có hoạt động xuyên biên giới phức tạp, điều này đồng nghĩa với việc chất lượng hồ sơ, tính nhất quán giao dịch và dữ liệu thuế điện tử sẽ bị giám sát chặt chẽ hơn. Cơ quan chức năng ngày càng đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và báo cáo tài chính. Doanh nghiệp nên chủ động rà soát hồ sơ tuân thủ thuế, thực hiện kiểm tra tuân thủ nội bộ định kỳ, đảm bảo tính nhất quán giữa sổ sách kế toán, hồ sơ hải quan và tờ khai thuế, đồng thời rà soát lại giao dịch liên kết và hồ sơ giá chuyển nhượng trước khi nhận được thông báo thanh tra.
Cục Thuế xác nhận rằng công tác quản lý thuế ngày càng tập trung vào quản lý rủi ro, sử dụng phân tích dữ liệu số để xác định người nộp thuế cần được rà soát thêm.
Trong 6 tháng đầu năm 2026, các cuộc thanh tra, kiểm tra thuế đã dẫn đến việc cơ quan chức năng kiến nghị truy thu, điều chỉnh và xử phạt hơn 34.000 tỷ đồng, đồng thời giảm đáng kể số lỗ kê khai và số thuế GTGT được khấu trừ. Theo cơ quan thuế, nguồn lực thanh tra ngày càng được phân bổ dựa trên hồ sơ rủi ro của người nộp thuế thay vì lựa chọn ngẫu nhiên.
Điều này phản ánh công cuộc cải cách quản lý thuế sâu rộng hơn của Việt Nam, nhằm nâng cao mức độ tuân thủ tự nguyện, đồng thời cho phép cơ quan chức năng tập trung nguồn lực thực thi vào các doanh nghiệp có mức độ rủi ro tuân thủ cao hơn.
Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FIE), các tập đoàn đa quốc gia và công ty có hoạt động xuyên biên giới phức tạp, điều này có nghĩa là chất lượng hồ sơ, tính nhất quán của giao dịch và dữ liệu thuế điện tử nhiều khả năng sẽ bị giám sát chặt chẽ hơn.
Xu hướng giám sát dựa trên rủi ro không chỉ giới hạn ở lĩnh vực thuế. Tỉnh Thanh Hóa đã phê duyệt chương trình thanh tra chuyên ngành năm 2026 đối với 87 doanh nghiệp và tổ chức thuộc nhiều lĩnh vực, do Sở Công Thương chủ trì. Thay vì thanh tra hành chính diện rộng, các cuộc thanh tra sẽ tập trung vào việc tuân thủ quy định trong các lĩnh vực:
Thời kỳ thanh tra nhìn chung sẽ tính từ ngày 1/1/2025, mỗi cuộc thanh tra trực tiếp thường không quá hai ngày làm việc trừ khi pháp luật có quy định khác. Cơ quan chức năng cũng nhấn mạnh rằng các cuộc thanh tra cần tránh chồng chéo không cần thiết với các hoạt động thanh tra khác của nhà nước.
Mặc dù chương trình này chỉ áp dụng riêng cho Thanh Hóa, nhưng nó phản ánh một xu hướng quản lý rộng hơn trên cả nước: các cuộc thanh tra ngày càng có mục tiêu cụ thể, dựa trên dữ liệu và theo từng ngành.
Một hệ quả quan trọng đối với doanh nghiệp là các nghĩa vụ tuân thủ không còn có thể được quản lý một cách riêng lẻ.
Cơ quan thuế đang có quyền truy cập nhiều hơn vào dữ liệu số từ hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan, báo cáo tài chính và các cơ sở dữ liệu khác của nhà nước. Đồng thời, các cơ quan quản lý chuyên ngành cũng phối hợp chặt chẽ hơn giữa các bộ ngành, khiến những điểm không nhất quán giữa hồ sơ vận hành và tờ khai thuế dễ bị phát hiện hơn.
Đối với doanh nghiệp hoạt động trong các ngành chịu quản lý chặt chẽ, bao gồm sản xuất, hóa chất, ngành tiêu hao nhiều năng lượng và thương mại quốc tế, điều này càng làm tăng tầm quan trọng của việc duy trì hồ sơ nhất quán giữa các chức năng quản lý khác nhau.
Doanh nghiệp cũng nên lường trước việc cơ quan chức năng sẽ chú trọng hơn đến việc liệu hoạt động thực tế có phù hợp với thông tin đã báo cáo qua tờ khai thuế, tờ khai hải quan, hồ sơ cấp phép và các hệ thống báo cáo bắt buộc khác hay không.
Trước bối cảnh Việt Nam siết chặt khung tuân thủ, doanh nghiệp nên cân nhắc chủ động chuẩn bị hơn cho việc tuân thủ quy định bằng cách:
Đối với nhà đầu tư nước ngoài, những diễn biến gần đây một lần nữa cho thấy việc tuân thủ pháp luật không chỉ đơn thuần là hoạt động báo cáo hàng năm, mà là một chức năng quản trị liên tục. Khi cơ quan quản lý tiếp tục áp dụng công cụ số và giám sát dựa trên rủi ro, các doanh nghiệp có hệ thống kiểm soát nội bộ và hồ sơ tuân thủ tốt hơn sẽ ở vị thế thuận lợi hơn để ứng phó hiệu quả khi được chọn thanh tra.
