Hạch toán kinh phí hợp đồng khoa học công nghệ với Nhà nước khi bỏ Tài khoản 161, 461 theo Thông tư 99/2025/TT-BTC
Bài giải thích của RegHub - New MarketerCập nhật lần cuối:
Dựa trên:99/2025/TT-BTC - Bộ Tài chính
Bài giải thích này do AI tạo và được kiểm tra tự động bằng AI, chưa qua chuyên gia thẩm định. Đây không phải tư vấn pháp lý, thuế hay kế toán và có thể có sai sót. Vui lòng đối chiếu với văn bản chính thức trước khi áp dụng.
Một doanh nghiệp nhà nước ký hợp đồng đặt hàng thực hiện nhiệm vụ khoa học công nghệ với Bộ Tài chính, kinh phí khoán 300 triệu đồng, thanh toán khi hoàn thành hợp đồng và không phải xuất hóa đơn. Hợp đồng được ký và hoàn thành trong năm 2025, còn tiền được Bộ thanh toán vào đầu năm 2026. Vướng mắc phát sinh vì Hệ thống tài khoản kế toán doanh nghiệp mới tại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư số 99/2025/TT-BTC ngày 27/10/2025 (có hiệu lực từ 01/01/2026) đã bỏ Tài khoản 161 - Chi sự nghiệp và Tài khoản 461 - Nguồn kinh phí sự nghiệp, vốn trước đây thường dùng để ghi nhận các khoản kinh phí dạng này. Cục Quản lý, giám sát kế toán, kiểm toán (Bộ Tài chính) trả lời rằng về bản chất, đây là giao dịch bán hàng và cung cấp dịch vụ giữa doanh nghiệp với Nhà nước, trong đó Nhà nước đóng vai trò là một khách hàng, chứ không phải là khoản cấp phát kinh phí sự nghiệp theo cơ chế ngân sách truyền thống. Do đó, doanh nghiệp cần căn cứ vào hợp đồng đặt hàng đã ký và áp dụng các hướng dẫn kế toán về ghi nhận doanh thu, chi phí tại Thông tư 99/2025/TT-BTC để hạch toán cho phù hợp, thay vì tìm tài khoản tương đương của TK 161 và TK 461 đã bị bãi bỏ. Đây là lưu ý quan trọng cho các doanh nghiệp nhà nước và đơn vị có hợp đồng đặt hàng nhiệm vụ khoa học công nghệ, dịch vụ công với cơ quan nhà nước: từ 01/01/2026, các khoản thu từ hợp đồng dạng này cần được ghi nhận là doanh thu bán hàng/cung cấp dịch vụ theo chế độ kế toán mới, không còn hạch toán qua các tài khoản kinh phí sự nghiệp đã bị bãi bỏ.
Tình huống
Một doanh nghiệp nhà nước ký hợp đồng đặt hàng thực hiện nhiệm vụ khoa học công nghệ với Bộ Tài chính. Theo hợp đồng, Bộ là bên đặt hàng, doanh nghiệp là bên nhận đặt hàng, mức kinh phí khoán là 300 triệu đồng và được thanh toán khi hoàn thành hợp đồng. Hợp đồng được ký và hoàn thành trong năm 2025; Bộ thực hiện thanh toán vào đầu năm 2026. Đối với hợp đồng này, doanh nghiệp không phải xuất hóa đơn.
Vướng mắc phát sinh vì Hệ thống tài khoản kế toán doanh nghiệp tại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư số 99/2025/TT-BTC ngày 27/10/2025 của Bộ Tài chính (hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp, có hiệu lực từ 01/01/2026) không còn Tài khoản 161 - Chi sự nghiệp và Tài khoản 461 - Nguồn kinh phí sự nghiệp - hai tài khoản trước đây thường dùng để ghi nhận các khoản kinh phí dạng này. Doanh nghiệp đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn tài khoản thay thế phù hợp để hạch toán đúng.
Trả lời chính thức
Cục Quản lý, giám sát kế toán, kiểm toán (Bộ Tài chính) trả lời phiếu câu hỏi số 100726-22 như sau: về bản chất, đây là giao dịch bán hàng và cung cấp dịch vụ giữa doanh nghiệp với Nhà nước, trong đó Nhà nước đóng vai trò là một khách hàng của doanh nghiệp, chứ không phải là khoản cấp phát kinh phí sự nghiệp theo cơ chế ngân sách truyền thống.
Do đó, doanh nghiệp cần căn cứ vào hợp đồng đặt hàng thực hiện nhiệm vụ khoa học công nghệ đã ký với Nhà nước, đồng thời áp dụng các hướng dẫn kế toán về ghi nhận doanh thu và chi phí quy định tại Thông tư số 99/2025/TT-BTC để hạch toán cho phù hợp, thay vì tìm tài khoản tương đương của TK 161 và TK 461 đã bị bãi bỏ.
Ý nghĩa thực tiễn
- Từ 01/01/2026, các khoản thu từ hợp đồng đặt hàng nhiệm vụ khoa học công nghệ, dịch vụ công với cơ quan nhà nước cần được doanh nghiệp ghi nhận là doanh thu bán hàng/cung cấp dịch vụ theo chế độ kế toán mới tại Thông tư 99/2025/TT-BTC.
- Các tài khoản kinh phí sự nghiệp truyền thống (TK 161, TK 461) không còn được sử dụng trong hệ thống tài khoản kế toán doanh nghiệp mới; doanh nghiệp cần rà soát lại cách hạch toán các hợp đồng tương tự đang thực hiện hoặc còn dở dang khi chuyển giao giữa hai chế độ kế toán.
- Doanh nghiệp nhà nước và các đơn vị có hợp đồng đặt hàng nhiệm vụ khoa học công nghệ, sự nghiệp công với cơ quan nhà nước nên chủ động cập nhật quy trình, sổ sách kế toán nội bộ trước thời điểm Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực để tránh sai sót khi ghi nhận doanh thu, chi phí.