Doanh nghiệp nhỏ và vừa có vốn đầu tư nước ngoài được xác nhận hưởng miễn thuế TNDN 3 năm

Bối cảnh

Sau khi Nghị định số 20/2026/NĐ-CP được ban hành, một số cục thuế địa phương, đặc biệt tại TP. Hồ Chí Minh, đã áp dụng hướng dẫn không thống nhất và loại doanh nghiệp khởi nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FIE) ra khỏi diện được hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) 3 năm dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa (SME) mới thành lập.

Ngày 11/6/2026, Tổng cục Thuế (GDT) ban hành Công văn số 3896/CT-CS và số 3897/CT-CS, xác nhận rằng FIE đủ điều kiện hưởng ưu đãi này, thiết lập lập trường áp dụng thống nhất trên toàn quốc và yêu cầu các cục thuế địa phương thu hồi mọi hướng dẫn trái với quan điểm này.

Mốc thời gian ưu đãi

Đối với doanh nghiệp đủ điều kiện, việc miễn toàn bộ thuế TNDN áp dụng liên tục trong 3 năm kể từ ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC) lần đầu, không phụ thuộc vào việc doanh nghiệp có phát sinh doanh thu hay lợi nhuận trong những năm đầu hay không.

Điều kiện áp dụng

Doanh nghiệp phải đáp ứng đồng thời hai điều kiện sau.

1. Doanh nghiệp mới thành lập và quy tắc chống lạm dụng

Ưu đãi chỉ áp dụng cho doanh nghiệp đăng ký và đầu tư lần đầu. Các trường hợp sau bị loại trừ:

• Doanh nghiệp hình thành từ sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
• Doanh nghiệp có người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người này không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh, hoặc cá nhân nắm giữ tỷ lệ vốn góp cao nhất từng giữ vai trò tương tự tại một doanh nghiệp đang hoạt động, hoặc tại doanh nghiệp đã giải thể trong vòng 12 tháng trước ngày thành lập doanh nghiệp mới.

Quy tắc này nhằm khuyến khích dòng vốn đầu tư khởi nghiệp thực sự mới, thay vì cho phép doanh nghiệp hiện hữu tái cơ cấu thành các pháp nhân nhỏ hơn để trục lợi ưu đãi.

2. Phân loại doanh nghiệp nhỏ và vừa

Theo Nghị định số 80/2021/NĐ-CP, doanh nghiệp được phân loại SME theo lĩnh vực hoạt động và các ngưỡng sau:

Quy mô	Nông, lâm, ngư nghiệp, công nghiệp và xây dựng	Thương mại và dịch vụ
Siêu nhỏ	≤ 10 lao động và doanh thu năm ≤ 3 tỷ đồng hoặc tổng vốn ≤ 3 tỷ đồng	≤ 10 lao động và doanh thu năm ≤ 10 tỷ đồng hoặc tổng vốn ≤ 3 tỷ đồng
Nhỏ	≤ 100 lao động và doanh thu năm ≤ 50 tỷ đồng hoặc tổng vốn ≤ 20 tỷ đồng	≤ 50 lao động và doanh thu năm ≤ 100 tỷ đồng hoặc tổng vốn ≤ 50 tỷ đồng
Vừa	≤ 200 lao động và doanh thu năm ≤ 200 tỷ đồng hoặc tổng vốn ≤ 100 tỷ đồng	≤ 100 lao động và doanh thu năm ≤ 300 tỷ đồng hoặc tổng vốn ≤ 100 tỷ đồng

Cách thức áp dụng miễn thuế

Ưu đãi miễn thuế 3 năm không được cấp tự động và không yêu cầu chứng nhận phê duyệt trước. Cơ chế áp dụng là tự đánh giá và tự kê khai: doanh nghiệp tự xác định điều kiện, tự tính số thuế được miễn và kê khai trong hồ sơ quyết toán TNDN hàng năm.

Cơ quan thuế không xác minh điều kiện tại thời điểm kê khai, mà sẽ kiểm tra các tiêu chí liên quan (tài chính, số lao động, cơ cấu doanh nghiệp) trong các đợt thanh tra, kiểm tra sau đó. Nếu phát hiện doanh nghiệp tính sai hoặc vi phạm quy tắc chống lạm dụng, cơ quan thuế sẽ truy thu thuế và xử phạt hồi tố.

Chuẩn bị cho rủi ro thanh tra hậu kiểm

Vì nghĩa vụ chứng minh hoàn toàn thuộc về doanh nghiệp tại thời điểm thanh tra, doanh nghiệp nên chủ động thực hiện các bước sau:

• Đánh giá điều kiện: Rà soát xem doanh nghiệp có đáp ứng tiêu chí SME (doanh thu, vốn, số lao động) và có thực sự là doanh nghiệp mới thành lập, không phải doanh nghiệp tái cơ cấu hay tiếp nối hoạt động cũ hay không.
• Rà soát hồ sơ thuế: Xem xét lại hồ sơ kê khai TNDN của các doanh nghiệp mới thành lập, xác định cơ hội áp dụng hoặc yêu cầu hoàn lại ưu đãi miễn thuế 3 năm nếu chưa từng áp dụng.
• Chuẩn bị hồ sơ, tài liệu: Lưu giữ đầy đủ tài liệu chứng minh tiêu chí SME, lịch sử thành lập, cơ cấu doanh nghiệp và việc không thuộc các trường hợp bị loại trừ.
• Làm việc với cơ quan thuế: Đối với các trường hợp từng gặp hướng dẫn không nhất quán, đặc biệt tại TP.HCM, doanh nghiệp nên chủ động trao đổi với cơ quan thuế địa phương để thống nhất theo hướng dẫn mới của GDT.
• Tách riêng thu nhập không được miễn thuế: Đối với doanh nghiệp có phát sinh thu nhập từ hoạt động không thuộc diện ưu đãi, cần theo dõi riêng các khoản thu nhập này trong sổ sách kế toán để giảm rủi ro bị loại trừ ưu đãi.

Các khoản thu nhập không được miễn thuế

Ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm không áp dụng cho một số loại thu nhập, bao gồm:

• Thu nhập từ chuyển nhượng vốn và chuyển nhượng bất động sản.
• Thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư và quyền khai thác khoáng sản.
• Thu nhập từ hoạt động thực hiện ngoài lãnh thổ Việt Nam.
• Thu nhập từ khai thác tài nguyên thiên nhiên (dầu khí, khoáng sản...).
• Thu nhập từ một số ngành nghề chịu quản lý đặc biệt như hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc kinh doanh trò chơi trực tuyến.

Các khoản loại trừ này được quy định tại Khoản 3, Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn liên quan.

Kết luận

Hướng dẫn của GDT đặt doanh nghiệp FIE ngang hàng với doanh nghiệp trong nước trong chính sách ưu đãi SME của Việt Nam. Điều kiện được hưởng ưu đãi phụ thuộc vào hai yếu tố: là doanh nghiệp thực sự mới thành lập và đáp ứng ngưỡng phân loại SME theo Nghị định số 80/2021/NĐ-CP. Vì ưu đãi vận hành theo cơ chế tự kê khai với hậu kiểm, chất lượng hồ sơ chứng minh sẽ quyết định vị thế của doanh nghiệp khi bị thanh tra trong tương lai.