Điều kiện khấu trừ thuế GTGT và chi phí TNDN khi công ty logistics thanh toán hộ chi phí nhập khẩu

Câu hỏi

Doanh nghiệp nhập khẩu thuê công ty logistics làm dịch vụ thông quan, trong đó công ty logistics chi hộ các khoản phí hải quan, vận chuyển và xuất hóa đơn GTGT về tên doanh nghiệp nhập khẩu, sau đó hai bên quyết toán và doanh nghiệp nhập khẩu thanh toán tổng phí (dịch vụ + chi hộ) cho công ty logistics bằng chuyển khoản. Hỏi: liệu cách làm này có đảm bảo điều kiện khấu trừ thuế GTGT và chi phí được trừ thuế TNDN không, và quy định nào áp dụng?

Hướng dẫn của cơ quan thuế

Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh căn cứ các quy định sau:

1. Về thuế GTGT:

Căn cứ Điều 14 Luật Thuế Giá trị gia tăng năm 2024: điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào bao gồm có hóa đơn GTGT hợp pháp và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.

Căn cứ Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/07/2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT: cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 05 triệu đồng trở lên bao gồm cả thuế GTGT. Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định tại Nghị định số 52/2024/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2024 của Chính phủ về thanh toán không dùng tiền mặt. Điều 26 cũng quy định các trường hợp đặc thù: thanh toán bù trừ công nợ, mua hàng qua bên thứ ba (bao gồm cả vay mượn, nhờ bên thứ ba trả hộ) phải có biên bản đối chiếu, xác nhận giữa các bên và chứng từ chuyển tiền từ bên thứ ba.

2. Về thuế TNDN:

Căn cứ Điều 9 Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp năm 2025: các khoản chi được trừ phải đáp ứng điều kiện, trong đó có yêu cầu có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác theo quy định của Chính phủ.

Căn cứ Điều 9 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN: khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định pháp luật và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên.

Kết luận của Cục Thuế TP.HCM: Trường hợp công ty phát sinh khoản chi thực tế liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh thì việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào, hạch toán chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN - đề nghị công ty nghiên cứu thực hiện theo Điều 14 Luật Thuế Giá trị gia tăng, Điều 9 Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Việc cần làm

• Rà soát lại các hợp đồng logistics: trường hợp công ty logistics chi hộ các khoản từ 05 triệu đồng trở lên, cần xem xét yêu cầu công ty logistics cung cấp biên bản đối chiếu xác nhận giữa các bên và chứng từ chuyển tiền để đáp ứng điều kiện đặc thù theo Điều 26 NĐ 181/2025.
• Đảm bảo thanh toán cho công ty logistics bằng chuyển khoản (không dùng tiền mặt) cho toàn bộ giá trị hóa đơn bao gồm cả phần chi hộ.
• Tham khảo quy định chi tiết tại Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP để xác định đúng trường hợp áp dụng.