Hướng dẫn của Cục Hải quan: Xử lý thuế GTGT nộp thừa khi điều chỉnh mã HS và thuế nhập khẩu qua tờ khai AMA
Bài giải thích của RegHub - New MarketerCập nhật lần cuối:
Bài giải thích này do AI tạo và được kiểm tra tự động bằng AI, chưa qua chuyên gia thẩm định. Đây không phải tư vấn pháp lý, thuế hay kế toán và có thể có sai sót. Vui lòng đối chiếu với văn bản chính thức trước khi áp dụng.
Cục Hải quan trả lời câu hỏi về cách xử lý khi doanh nghiệp được cơ quan hải quan thông báo có nhiều tờ khai nhập khẩu năm 2024 và 2025 bị xác định sai mã HS, dẫn đến sai thuế GTGT (từ 10% giảm xuống 8%) và thuế nhập khẩu (từ 3% tăng lên 5%). Doanh nghiệp đã nộp bổ sung thuế nhập khẩu nhưng chưa biết xử lý phần thuế GTGT nộp thừa. Cục Hải quan hướng dẫn: Căn cứ khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, số tiền thuế GTGT nộp thừa được xử lý theo 3 cách: (1) bù trừ với các khoản thuế còn nợ khác; (2) trừ vào lần nộp thuế tiếp theo; hoặc (3) hoàn trả khi doanh nghiệp không còn nợ thuế. Khi bù trừ với khoản còn nợ, không tính tiền chậm nộp cho khoản thời gian từ ngày phát sinh nộp thừa đến ngày bù trừ. Đặc biệt, đối với thuế GTGT được hoàn qua hải quan, doanh nghiệp phải kê khai điều chỉnh với cơ quan thuế (thuế nội địa) về số thuế GTGT đã khấu trừ trước khi đề nghị hoàn tại hải quan. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan thông tin cho cơ quan thuế.
Tình huống của doanh nghiệp
Năm 2026, cơ quan hải quan thông báo có nhiều tờ khai nhập khẩu năm 2024 và 2025 bị xác định sai mã HS, dẫn đến:
- Thuế GTGT: từ 10% giảm còn 8% (nộp thừa thuế GTGT)
- Thuế nhập khẩu: từ 3% tăng lên 5% (nộp thiếu thuế nhập khẩu)
Doanh nghiệp đã làm tờ khai AMA để điều chỉnh và đã nộp bổ sung số thuế nhập khẩu còn thiếu. Vướng mắc là phần thuế GTGT nộp thừa chưa biết xử lý như thế nào.
Hướng dẫn của Cục Hải quan
Căn cứ pháp lý 1: Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14
Số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số phải nộp thì được xử lý theo một trong ba cách:
- Bù trừ với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ
- Trừ vào lần nộp thuế tiếp theo
- Hoàn trả khi người nộp thuế không còn nợ thuế
Lưu ý quan trọng: Trường hợp bù trừ với khoản nợ, không tính tiền chậm nộp trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan thuế thực hiện bù trừ.
Căn cứ pháp lý 2: Thông tư số 121/2025/TT-BTC (khoản 60 Điều 1)
Sửa đổi Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC về xử lý số tiền thuế GTGT được hoàn:
Quy trình hoàn thuế GTGT qua hải quan:
- Doanh nghiệp kê khai điều chỉnh với cơ quan thuế nội địa nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế GTGT đã khấu trừ
- Sau đó, đề nghị cơ quan hải quan hoàn thuế GTGT
- Sau khi ban hành quyết định hoàn, cơ quan hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan thuế
Doanh nghiệp cần liên hệ cơ quan hải quan nơi làm thủ tục để được hướng dẫn chi tiết.